Lajoux est membre de plusieurs syndicats extérieurs

• Communauté de Communes Haut Jura Saint Claude
• SIDEC
• Parc Naturel Régional du Haut Jura
• SMAAHJ
• Syndicat de Gestion Forestière du Massacre
• SICTOM
• Syndicat des Eaux du Plateau des Rousses
• ASA des Replets
• ASA des Thoramys
• ASA de la Loge